Makrofotografering, även om det är fängslande, kommer med flera utmaningar som fotografer måste navigera för att fånga fantastiska närbilder. En av de främsta svårigheterna är att uppnå skarp fokus, eftersom även den minsta rörelse kan göra bilden suddig när man arbetar med så små motiv och hög förstoring. Detta problem förvärras av det extremt korta skärpedjupet som är inneboende i makrofotografering, vilket ofta resulterar i att bara en liten del av motivet är i fokus, vilket kräver exakta fokuseringstekniker eller fokusstapling för att fånga hela motivet skarpt.
Belysning utgör också en stor utmaning inom makrofotografering. Eftersom kameran ofta är väldigt nära motivet kan naturligt ljus hindras, vilket leder till underexponerade bilder eller hårda skuggor. Detta gör det nödvändigt att använda artificiell belysning, såsom ringljus eller makroblixtar, som måste hanteras noggrant för att undvika att övermanna motivet eller skapa onaturliga höjdpunkter.
En annan utmaning är motivrörelser, speciellt när man fotograferar levande motiv som insekter eller blommor i vinden. Dessa små rörelser kan förstöra ett skott, vilket gör tålamod och snabba reflexer viktiga färdigheter. Dessutom kan behovet av specialiserad utrustning, såsom makroobjektiv, stativ och fokusskenor, vara skrämmande för nybörjare, och dessa verktyg är ofta dyra, vilket ger en ekonomisk utmaning till mixen.